Fakulteten består av fyra sektioner med 15 institutioner. Därtill kommer institut/centra samt verksamhet på olika fältstationer.
Matematisk-fysiska sektionen
Fysikum
Institutionen för astronomi
Institutionen för matematikämnets och naturvetenskapsämnenas didaktik (MND)
Matematiska institutionen
Meteorologiska institutionen (MISU)
Kemiska sektionen
Sektionens webbplats
Institutionen för biokemi och biofysik (DBB)
Institutionen för material- och miljökemi
Institutionen för organisk kemi
Biologiska sektionen
Institutionen för biologisk grundutbildning (BIG)
Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut
Institutionen för ekologi, miljö och botanik
Zoologiska institutionen
Sektionen för geo- och miljövetenskaper
Institutionen för geologiska vetenskaper (IGV)
Institutionen för miljövetenskap
Institutionen för naturgeografi
Centrumbildningar direkt under fakultet
Bergianska botaniska trädgården (BBT)
Stockholms Resilienscentrum
Nordic Institute for Theoretical Physics (NORDITA)
Östersjöcentrum
För centrumbildningar under institution, se se denna sida
Fältstationer
Askölaboratoriet (marin forskning)
Tarfala (högfjäll, glaciologi)
Tovetorp (etologi)
Navarino Environmental Observatory (klimat och miljö)