Personalproblem, som konflikter på arbetsplatsen med t ex handledare eller andra på institutionen som inte går att lösa sinsemellan, tas upp med prefekten. Frågor om arbetsplatsen tas upp med prefekten, eller den som prefekten har utsett som ansvarig vid institutionen.

Frågor som specifikt rör utbildning på forskarnivå ställs till en av handledarna. Det finns även doktorandråd vid institutionerna samt fakultetsråd och ett centralt doktorandråd vid Stockholms universitet. 

Varje institution ska ha ett skyddsombud. Vid universitetet finns också fem huvudskyddsombud. De har till uppgift att företräda arbetstagarna i arbetsmiljöfrågor, stödja arbetsmiljöombuden, medverka i utbildning och skyddsronder vid behov med mera. 

Studenthälsan i Stockholm kan hjälpa till med hälsorelaterade problem.