Det är prefekten som är ansvarig för arbetsmiljön för anställda och studenter vid institutionen. Skulle det uppstå problem är det alltså i första hand prefekten man vänder sig till, men det finns även andra instanser.

Personalproblem, som konflikter på arbetsplatsen med t ex handledare eller andra på institutionen som inte går att lösa sinsemellan, tas upp med prefekten. Frågor om arbetsplatsen tas upp med prefekten, eller den som prefekten har utsett som ansvarig vid institutionen.
Frågor som specifikt rör utbildning på forskarnivå ställs till en av handledarna. Det finns även doktorandråd vid institutionerna och ett centralt doktorandråd vid Stockholms universitet. Stockholms universitets studentkår har ett doktorandombud som kan ge information och råd.

Varje institution ska ha ett skyddsombud, och det finns även centrala skyddsombud för Stockholms universitet från fackföreningarna ST och SACO som kan nås via respektive webbsidor: www.st.su.se och www.saco.su.se.

Studenthälsan i Stockholm kan hjälpa till med hälsorelaterade problem.