Fakulteten består av fyra sektioner med 15 institutioner. Därtill kommer institut/centra samt verksamhet på olika fältstationer.

Matematisk-fysiska sektionen

Fysikum
Institutionen för astronomi
Institutionen för matematikämnets och naturvetenskapsämnenas didaktik (MND)
Matematiska institutionen
Meteorologiska institutionen (MISU)

Kemiska sektionen

Sektionens webbplats
Institutionen för biokemi och biofysik (DBB)
Institutionen för material- och miljökemi
Institutionen för organisk kemi

Biologiska sektionen

Institutionen för biologisk grundutbildning (BIG)
Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut
Institutionen för ekologi, miljö och botanik
Zoologiska institutionen

Sektionen för geo- och miljövetenskaper

Sektionens webbplats
Institutionen för geologiska vetenskaper (IGV)
Institutionen för naturgeografi
Institutionen för miljövetenskap och analytisk kemi

Centra/ institut

Östersjöcentrum
Bergianska botaniska trädgården (BBT)
Stockholms Resilienscentrum
Nordic Institute for Theoretical Physics (NORDITA)
SciLifeLab

Fältstationer

Askölaboratoriet (marin forskning)
Tarfala (högfjäll, glaciologi)
Tovetorp (etologi)
Navarino Environmental Observatory (klimat och miljö)